Akcja powieści przebiega w dwóch płaszczyznach miejsca i czasu. Wątek tytułowy (miłość Małgorzaty Nikołajewny i Mistrza, autora powieści historycznej o Poncjuszu Piłacie) jest snuty i przeplatany z równoczesnym oraz równoważnym wątkiem wizyty Szatana i jego świty w Związku Radzieckim, a większość opisywanych zdarzeń ma miejsce w Moskwie lat 30. XX w. Wątek historyczny (losy Poncjusza Piłata, tytułowego bohatera powieści napisanej przez Mistrza, skupione wokół procesu i kaźni wędrownego proroka Jeszui Ha-Nocri) nawiązuje tematycznie do niektórych wątków biblijnych, ma formę apokryficznej powieści w powieści, osadzonej w Judei (głównie Jerozolima) czasu panowania cesarza Tyberiusza i przedstawianej fragmentarycznie przez różne źródła narracyjne (opowiadanie Szatana, sen Iwana Bezdomnego oraz lektura rękopisu przez Małgorzatę). Powieść składa się z 32 rozdziałów. Rozdziały te skonstruowane są za pomocą różnych technik narracyjnych i połączone w sposób przypominający montaż filmowy[6]. Fabuła opiera się na trzech głównych wątkach (pobyt szatana w Moskwie, miłość Mistrza i Małgorzaty, spotkanie Piłata z Jeszuą), wątki te przeplatają się ze sobą i łączą poprzez różnorakie zależności, tworząc nierozerwalną całość[2], przy czym wątek Poncjusza Piłata jest jednocześnie powieścią w powieści[2]. Powieść korzysta z różnych technik i wzorców literackich – odwołuje się do satyry, powieści kryminalnej, powieści przygodowej, baśni i przypowieści biblijnej. Wykorzystuje też tradycyjne motywy, m.in. czarodziejskiej przemiany, opowieści obłąkanego i kultu szatana.