Crimson Trigger suit Haruta, une adolescente de seize ans vivant à Tokyo, qui conclut un pacte avec un démon mourant. En échange de sa survie, elle reçoit des pouvoirs surnaturels : la capacité de prédire sa propre mort quelques secondes à l’avance, une force accrue, et une vitesse exceptionnelle. Mais ce don attire rapidement l’attention de la Sécurité Publique, et notamment de Makima, une figure d’autorité mystérieuse et manipulatrice. Haruta se retrouve alors dans une lutte intérieure : doit-elle rejoindre les Devil Hunters, ceux-là mêmes qui pourchassent les démons, ou protéger ce démon qu’elle a sauvé, et qui commence à lui parler comme un allié… voire un protecteur ?