Romaanissa rinnastuu ja kietoutuu yhteen kolme erilaista tapahtumakulkua: Saatanan vierailu 1930-luvun Moskovassa, Mestarin ja Margaritan kiihkeä rakkaustarina sekä Jeesuksen ajan Jerusalem, jossa maaherra Pontius Pilatus pohtii filosofi Ješua Ha-Notsrin (Jeesuksen) kuolemantuomiota. Saatanan hahmo kirjassa on salaperäinen taikuri Woland, jonka seurue koostuu demoneista ja noidista: Heitä ovat Korovjev alias Fagot, suuren mustan kissan hahmon ottanut Begemot ("virtahepo" tai Raamatun Behemot), Azazello, Abadonna ja Hella. Loputtoman monipuolista teosta voidaan tarkastella myös muista näkökulmista: esimerkiksi neuvostoyhteiskuntaa ja koko modernia elämäntapaa ivaavana satiirina tai kehitysromaanina runoilija Ivan Bezdomnyin näkökulmasta.